FMIPA Unesa telah mengembangkan sistem penjaminan mutu yang terorganisasi melalui Gugus Jaminan Mutu. Tugas dan fungsi Gugus Jaminan Mutu (GJM) yang utama adalah membantu Dekan dalam merencanakan dan melaksanakan penjaminan mutu akademik di fakultas yang meliputi:
- Peningkatan mutu akademik, dimulai dari a) penyusunan dokumen kebijakan, peraturan, standar, manual, dan sasaran mutu akademik, b) penyusunan Laporan Evaluasi Diri Fakultas berdasar Laporan Evaluasi Diri Jurusan dan Pangkalan Data Perguruan Tinggi (PDPT) Program Studi, c) melakukan monitoring dan evaluasi kegiatan akademik, d) penyiapan Audit Internal Mutu Akademik (AIMA) tingkat fakultas, d) peningkatan mutu fakultas berkelanjutan berdasarkan rumusan koreksi.
- Pengembangan sistem penjaminan mutu akademik yang mencakup antara lain: a) Penjabaran Kebijakan Mutu Akademik ke dalam kebijakan Mutu Akademik Fakultas, b) Penjabaran Standar Mutu Akademik Unesa ke dalam Standar Mutu Akademik Fakultas, c) Penjabaran Manual Mutu Akademik Unesa ke dalam Manual Mutu Akademik Fakultas, d) Penetapan Sasaran Mutu Akademik fakultas sebagai acuan sasaran mutu akademik di jurusan/prodi, e) Sosialisasi sistem penjaminan mutu ke semua sivitas akademika di fakultas/ jurusan/prodi yang bersangkutan, f) Pendampingan kepada sivitas akademika fakultas tentang pelaksanaan penjaminan mutu, g) Melakukan monitoring dan evaluasi internal terhadap jurusan/ program studi/laboratorium/unit layanan, h) Melakukan koordinasi audit internal mutu akademik terhadap jurusan/ program studi/laboratorium/unit layanan.