Pada lingkungan Fakultas MIPA terdapat juga sebuah masjid. Masjid tersebut terletak di ujung sebelah barat Fakultas MIPA dimana di sebelah timur masjid tersebut terdapat sebuah busem. Bagi civitas akademika UNESA yang beragama islam. masjid ini memiliki banyak fungsi disamping sebagai tempat beribadah. UKKI sebagai unit kegiatan kemahasiswaan yang mewadahi mahasiswa islam terdapat pada lingkungan masjid ini. masjid ini bernama “Masjid Baitul Makmur”. Tetapi sebagian kalangan masih menyebut sebagai “Masjid Gundul” yang merujuk pada kubah bangunan lama.
