Pusat Inovasi Usaha Mikro Kecil dan Menengah (PIUMKM) yang ada di FMIPA Unesa berkembang atas kerjasama dengan Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT). unit ini merupakan bagian dari Forum Koordinasi Penguatan Sistem Inovasi Daerah yang memberikan arahan pelaksanaan sinkronisasi program dan kegiatan pemerintah pusat dengan pemerintah daerah dalam rangka penguatan sistem inovasi daerah.
PI-UMKM di lingkungan FMIPA Unesa berawal dari usaha mediasi pertumbuhan dan perkembangan UMKM budidaya cacing sutra di sepanjang Kali Surabaya. Usaha ini berhasil mengubah pola dari penambang cacing menjadi pembudidaya cacing sutra. Hal ini telah dapat meningkatkan penghasilan para penambang cacing sutra, disamping mengembalikan kesehatan mereka dari paparan cemaran air semasih mereka menjadi penyelam untuk menambang cacing.
Kegiatan dari unit PIUMKM FMIPA Unesa telah berkembang melalui kerjasama dengan pemerintah kota maupun pemerintah daerah di Jawa Timur seperti Pemkot Surabaya, Pemda Madiun, Pemkot Kediri, dan lain-lain. Sasarannya adalah memberi inovasi pada pertumbuhan dan perkembangan UMKM di daerah-daerah tersebut.