Prodi Pendidikan Sains merupakan unsur pelaksana akademik dalam mengembangkan pendidikan sains dan menghasilkan tenaga pendidik sains yang professional. Program studi yang berjenjang S-1 ini merupakan prodi yang tidak berafiliasi dalam suatu jurusan, tetapi berada langsung dibawah koordinasi fakultas. Proses akademisnya dibina oleh 7 guru besar dan sejumlah dosen tetap yang pakar di bidangnya. Prodi Pendidikan Sains ini juga didukung oleh para dosen profesional dari berbagai jurusan di lingkungan FMIPA Unesa melalui mekanisme resource sharing. Prodi ini telah terakreditasi dengan nilai B berdasarkan nilai akreditasi BAN PT No 030/BAN-PT/Ak-XIII/S1/XII.
Prodi Pendidikan Sains mengembangkan kompetensi para mahasiswa dengan perkuliahan sains terintegrasi. Dengan demikian, lulusan pendidikan sains memiliki kompetensi sebagai pendidik dari sains yang solid tematik dan tidak terpecah-pecah sesuai bahasan bidang-bidang sains. Hal ini sejalan dengan amanat Permendiknas No. 22 tahun 2006 yang menyatakan pembelajaran sains dikemas menjadi satu kesatuan yang utuh dan Permen Diknas No 41 Tahun 2007 Butir II C nomor 5 yang mengamanatkan pengembangan RPP memperhatikan prinsip keterkaitan dan keterpaduan.
Produktivitas Prodi Pendidikan Sains sangat tinggi dengan pengembangan pendidikan sains dalam kegiatan pembelajaran, penelitian maupun pengabdian masyarakat. Prodi ini juga aktif membina guru-guru sains terutama guru sains sekolah dasar dan menengah di Jawa Timur. Prodi Pendidikan Sains juga dipercaya dalam membina sertifikasi guru-guru sains profesional melalui kegiatan portofolio dan PLPG.