Prodi Pendidikan Biologi merupakan unsur pelaksana akademik dari Jurusan Biologi dalam mengembangkan pendidikan biologi dan menghasilkan tenaga pendidik biologi yang professional. Program studi yang berjenjang S-1 dengan nilai akreditasi A ini didukung oleh para dosen professional yang beberapa diantaranya lulusan perguruan tinggi luar negeri seperti dari Australia dan Jerman.
Prodi Pendidikan Biologi memberikan kontribusi untuk pengembangan pendidikan Biologi di tanah air. Beberapa tenaga ahli berperan dalam mengembangkan pendidikan Biologi baik di tingkat sekolah maupun perguruan tinggi. Dalam hal ini, Prodi Pendidikan Biologi pernah dan sedang bekerja sama dengan Universitas Negeri Malang melalui Hibah Penelitian Pekerti. Kerja sama semacam juga dilakukan dengan beberapa sekolah baik SMP maupun SMA disekitar Surabaya seperti SMAN 2, SMAN 12, SMA Widya Darma dan SMA Sejahtera dan beberapa SMP di daerah Madura.
Disamping berfokus dalam menghasilkan lulusan pendidikan biologi yang profesional, Prodi Pendidikan Biologi juga aktif dalam pembinaan guru-guru biologi. Dalam hal ini Prodi Pendidikan melakukan kerjasama dan kemitraan dengan Diknas Kodya dan Kabupaten di lingkungan Jawa Timur meliputi kegiatan pembinaan guru-guru biologi se Kodya Surabaya tentang peningkatan kualitas pembelajaran melalui lesson study, pelaksanaan tes uji kompetensi guru SMP dan SMA se Kodya Surabaya, pelaksanaan ujian masuk RSBI di SMP dan SMA, pendampingan RSBI di wilayah Jawa Timur, pendampingan olimpiade Biologi dan workshop Profesi Guru.